Μείζον θέμα έχει προκύψει με τον ΦΠΑ στο έργο του μετρό του Πειραιά, καθώς η Αττικό Μετρό έχει καλέσει την κοινοπραξία (ήδη από τις 7 Νοεμβρίου 2014) να μην περιλαμβάνει ΦΠΑ στα τιμολόγια της βάσει του Ν. 4281/2014. Η κοινοπραξία συνέχισε να εκδίδει τιμολόγια με τον ΦΠΑ καθώς θεωρεί ότι οι αλλαγές στον κώδικα που έφερε η συγκεκριμένη νομοθετική ρύθμιση δεν αφορούν την περίπτωση του συγκεκριμένου έργου. Ωστόσο η Αττικό Μετρό αρνείται να καταβάλει ΦΠΑ που προσεγγίζει τα 9 εκατ. ευρώ.
Η κατασκευάστρια κοινοπραξία J&P Αβαξ – Ghella – Alstom από την πλευρά της εξετάζει το ενδεχόμενο αναστολής εργασιών ενώ παράλληλα κινείται νομικά εναντίον της Αττικό Μετρό και δηλώνει πως αντιμετωπίζει χρηματοδοτικό πρόβλημα από αυτή την εξέλιξη καθώς καλείται να καλύψει από ίδιους πόρους τον ΦΠΑ των υπεργολάβων και των προμηθευτών τους, χωρίς να μπορεί να συμψηφίσει τον ΦΠΑ εισροών – εκροών και χωρίς να έχει πρόσβαση στον τραπεζικό δανεισμό λόγω της οικονομικής κατάστασης της χώρας.
Οι επίμαχες αλλαγές στον κώδικα ΦΠΑ υπαγορεύουν ότι οι φορείς του Δημοσίου, εφόσον εκτελούν έργα που εκμεταλλεύονται, μπορούν να πάρουν απαλλαγή από τον ΦΠΑ.Έτσι, εισήλθε στις διατάξεις του νόμου η Αττικό Μετρό αντί της ΣΤΑΣΥ που εκμεταλλεύεται το δίκτυο του μετρό. Να υπενθυμίσουμε ότι το έργο του μετρό του Πειραιά, είναι προϋπολογισμού δημοπράτησης 660 εκατ. ευρώ, και έχει ολοκληρώσει κατά 52% τα έργα διάνοιξης σηράγγων και κατά 35% τα έργα πολιτικού μηχανικού.